Neuer NGS-Workflow beschleunigt den Nachweis von Covid-Varianten

PerkinElmer gab die Mark­te­in­führung des NEXTFLEX Vari­ant-Seq SARS-CoV­‑2 Kit v2 zu Forschungszweck­en (Research Use Only, RUO) bekan­nt, um den Nach­weis von SARS-CoV-2-Vari­anten zu beschle­u­ni­gen. Diese Kom­plet­tlö­sung für das Next Gen­er­a­tion Sequenc­ing (NGS) ermöglicht es Laboren, den Sequen­zier­durch­satz zu erhöhen und zuver­läs­sige Vari­anteniden­ti­fizierun­gen durchzuführen.
 
Unter Ver­wen­dung pos­i­tiv­er SARS-CoV-2-Proben weist das NEXTFLEX Vari­ant-Seq SARS CoV‑2 Kit v2 Muta­tio­nen nach, die mit allen SARS-CoV-2-Vari­anten assozi­iert sind, ein­schließlich der neuesten von der Welt­ge­sund­heit­sor­gan­i­sa­tion iden­ti­fizierten “Vari­ant of Con­cern” (VOC), Omikron (B.1.1.529). Dieses Kit bietet Laboren Vorteile in Bezug auf Geschwindigkeit, Skalier­barkeit, da es neu entwick­elte NEXTFLEX-Nor­mal­isierungs­beads enthält, die die Durch­laufzeit für 96 Proben um durch­schnit­tlich drei Stun­den verkürzen (im Ver­gle­ich zu anderen Stan­dard-Bib­lio­theksvor­bere­itungskits, die eine Quan­tifizierung und Nor­mal­isierung der einzel­nen Proben vor dem Pool­ing erfordern).
 
“Die neue Omikron-Vari­ante hat die wichtige Rolle bestätigt, die die SARS-CoV-2-Squen­zierung­bei der Beendi­gung der COVID-19-Pan­demie spie­len wird”, sagte James Atwood, Gen­er­al Man­ag­er für Applied Genomics bei PerkinElmer. “Der NEXTFLEX Vari­ant-Seq SARS-CoV­‑2 Kit v2-Work­flow wurde speziell entwick­elt, um die Anforderun­gen von Laboren zu erfüllen, indem er die Zeit von der Probe bis zum Ergeb­nis reduziert, den Durch­satz steigert und die Kom­plex­ität des Work­flows vereinfacht.”
 
Dazu ver­wen­det das NEXTFLEX Vari­ant-Seq SARS-CoV­‑2 Kit v2 1.536 Unique Dual Index (UDI) Bar­codes, um die Sequen­zierung von 6.000 SARS-CoV-2-Bib­lio­theken in ein­er Fließzelle zu ermöglichen. Dies ermöglicht einen extrem hohen Durch­satz und min­imiert die mit der Sequen­zierung ver­bun­de­nen Kosten pro Probe.
 
PerkinElmer bietet auch den PKamp Vari­ant­De­tect™ SARS-CoV­‑2 RT-PCR Assay für den gle­ichzeit­i­gen qual­i­ta­tiv­en Nach­weis und die Dif­feren­zierung mehrerer bekan­nter SARS-CoV-2-
Muta­tio­nen, ein­schließlich Omi­cron an. Der Assay ermöglicht die Durch­führung ein­er Muta­tion­styp­isierung der zweit­en Stufe aus pos­i­tiv­en SARS-CoV-2-Proben. Er ist mit allen han­del­süblichen RT-PCR-Geräten kom­pat­i­bel und liefert Ergeb­nisse inner­halb von zwei Stunden.